（一）组织拟订传染病预防控制及公共卫生监督的地方性法规草案、政府规章草案、政策措施、规划计划和地方标准。负责疾病预防控制网络和工作体系建设。
（二）领导全省各级疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施。审核州（市）疾病预防控制局的监测预警等规划计划和应急预案，指导开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制。
（三）组织落实国家免疫规划，制定并实施严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施，负责预防接种监督管理工作。
（四）监督管理传染病医疗机构及其他医疗机构疾病预防控制工作，指导建立疾病预防控制监督员制度，制定实施疾病预防控制系统队伍建设的政策措施。
（五）规划指导传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作并发布疫情信息，建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制。
（六）负责传染病疫情应对相关工作，组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作，拟订应急预案并组织开展演练，指导疾病预防控制系统应急体系和能力建设，负责应急队伍、志愿者队伍建设，提出传染病疫情应对应急物资需求及分配意见。
（七）协同指导疾病预防控制科研体系建设，拟订疾病预防控制科技发展规划及相关政策并组织实施。开展疾病预防控制领域的对外交流与合作。
（八）负责传染病防治、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督管理和职业卫生、放射卫生监督工作，依法组织查处重大违法行为，健全卫生健康综合监督体系。
（九）健全完善艾滋病防治工作机制，加强部门协作，强化医防融合，落实各项防控措施，综合防治艾滋病等性途径传播疾病。
（十）完成省委、省政府交办的其他任务。
（十一）职能转变。云南省疾病预防控制局应当强化对全省各级疾病预防控制机构的业务领导和工作协同，建立健全疾病预防控制工作体系和网络，为维护人民健康提供有力保障。坚持将预防关口前移，健全多渠道监测预警机制，建立智慧化预警多点触发机制，推动公共卫生服务与医疗服务高效协同、无缝衔接，完善公共卫生重大风险评估、研判、决策机制，提高评估监测敏感性和准确性。优化资源配置，完善运行机制，坚持依法防控，落实早发现、早报告、早隔离、早治疗要求，推动构建常态化管理和应急管理动态衔接的基层治理机制，强化科研支撑体系，健全决策咨询体系，实现动态防控、科学防控、精准防控。
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